Случалось, что человек, не имевший большого морского опыта, однако умный и решительный, входил в историю именно как флотоводец. Такова была и судьба дона Хуана Австрийского. В Кипрской войне 1570—1573 годов, направленной против турок, дон Хуан возглавил объединенный флот «Священной лиги», в которую вошли Испания, Венеция, Генуя и суда папы римского. Благодаря престижу королевского имени и энтузиазму он смог скоординировать цели адмиралов лиги и соединить флоты в единую силу.

Дон Хуан родился 24 февраля 1547 года в Регенсбурге, в Германии. Он был незаконным сыном римского императора Карла V и сводным братом короля Испании Филиппа II. Отнятый в раннем детстве у матери, дочери бюргера, он воспитывался при испанском дворе. После смерти Карла по завещанию отца Филипп II Испанский, относившийся к мальчику по-братски, признал его законным, представил двору и дал в 1559 году имя дон Хуан Австрийский. Предполагали, что он пойдет по церковной стезе. В 1561—1564 годах дон Хуан учился в университете Алькала, но больше увлекался военным делом. В 1564 году он поступил на морскую службу, в следующем — участвовал в освобождении Мальты от турок. В 1568 году в звании капитан-генерала — командующего эскадрой — дон Хуан выступил против берберских корсаров. В марте следующего года его назначили главнокомандующим испанских сил, пытавшихся покорить морисков (христиан мавританского происхождения) в Гренаде.

Тем временем турки отвоевывали один за другим острова, принадлежавшие Венеции. В 1570 году турецкие войска угрожали Кипру. Против них летом собрались в Кадиксе превосходящие силы Венеции, Испании и папы римского, насчитывавшие 197 галер, 1300 орудий, 48000 матросов и 16000 солдат. Однако союзники медлили, позволив туркам осенью овладеть Никосией и осадить Фамагусту, и, не приняв серьезных мер, на зиму вернулись в свои порты. Только небольшой отряд Кирини отогнал 12 турецких галер от Кипра. Обойдя берега острова, венецианцы истребили возведенные турками укрепления, но не имели сил деблокировать Фамагусту и вернулись на Крит.

Благодаря дипломатическим усилиям папы к кампании 1571 года была организована «Священная лига», в которой Испания брала на себя половину военных расходов, Венеция — треть, а папа — одну шестую. Подготовка флотов началась уже ранней весной. Так как принцы Анжуйский и Савойский отказались принять командование соединенным флотом, было решено назначить 24-летнего дона Хуана Австрийского. К 1571 году тот имел блестящую репутацию как самый храбрый, благородный и умный военачальник, который внимательно выслушивал советы и извлекал из них пользу, принимал твердые решения.

Уже в марте 1571 года 30 турецких галер прибыли на Родос, преграждая путь к Кипру. В мае на острове были сосредоточены 250 галер и армия из 80000 человек. Не дожидаясь падения Фамагусты, Али-паша с флотом и частью войск 13 июня появился у острова Милос, а затем у Крита. Однако усиленный до 60 галер отряд Кирини укрылся в укрепленном порте Канея. Турки высадились, разорили остров, но после перестрелки с гарнизоном отправились далее. Пока турки совершали набеги на острова и порты, союзники соединились в Мессине. С другой стороны, прибывший в Лепанто с флотом Али-паша получил ираде (указ) султана атаковать союзный флот.

К этому времени союзники в Мессине ожидали главнокомандующего, который прибыл 24 августа, совершив переход из Неаполя за двое суток. Сделав смотр флотам, дон Хуан разработал организацию сил и дал подробные инструкции относительно походного и боевого строя. В бою 200 галер развертывались в строй фронта на ширину около 5 миль, причем так плотно, чтобы между судами не могли пройти неприятельские галеры. Расстояние между эскадрами составляло четыре ширины галер. 6 галеасов выстраивали впереди галер и размещали на них по 100 аркебузиров. Каждая эскадра отличалась цветом вымпелов (синий, зеленый, желтый и белый — для резерва). В походе дозор выдвигали вперед на 20 миль днем и на 8 — ночью. Арьергард держался в миле от главных сил. Был назначен начальник тыла для помощи отстающим судам; эту должность по очереди выполняли командиры арьергарда. Галеасы составляли отдельный отряд, а грузовые нефы были выделены из построения, чтобы не задерживать перемещений.

26 сентября соединенный флот прибыл в Корфу. Узнав от высланных на разведку галер о том, что турки отделили 60 галер, дон Хуан хотел этим воспользоваться. Сначала он должен был пополнить запасы провизии на нефах путем реквизиций. 30 сентября флот перешел в бухту Коменица. Отправив людей на берег за провиантом, главнокомандующий развернул галеры вдоль берега носами в сторону входа; галеасы оберегали вход в бухту, а в море дежурили патрульные суда. Дон Хуан знал, что турки в Лепанто, хотя и не ведал их численности. С другой стороны, турецкие разведывательные суда преуменьшили численность союзников. На турецком военном совете некоторые предлагали Али-паше отказаться от боя и идти в Дарданеллы, рассчитывая, что осенью союзники к проливам не пойдут. Они опасались преимущества христиан в боевой подготовке, вооружении и снаряжении: аркебузы против луков, стальные доспехи. Молодой и храбрый турецкий главнокомандующий, игнорируя трудности, решил выполнить приказ султана.

3 октября 1571 года союзники вышли из Коменицы и 4 октября заняли порт Петала в заливе Аспро-Потамос, запирая турецкий флот. Они решили отомстить за взятие Кипра. Турецкий флот тем временем вышел из Лепанто и 6 сентября перешел в бухту Галата. Высланный на разведку Кара-Джали не смог подойти близко к союзникам, но сообщил, что их численность меньше, чем думали ранее.

Утром 7 октября 1571 года противники увидели друг друга. Союзники располагали 6 галеасами и 203 галерами. В сражении дон Хуан возглавил центр, тогда как левым флангом (53 галеры) командовал венецианец Барбарелло, а правым из 50 галер — генуэзец А. Дориа. На судах было до 80000 человек, в том числе 25000 солдат, вооруженных аркебузами. Венецианские галеасы были выдвинуты вперед, а позади центра, под командованием испанского адмирала Санта-Круса и сицилийского капитана Кардоны, был построен резерв (38 галер). Противостоящий турецкий флот включал до 230 галер и 66 галиотов. Али-паша построил суда традиционным полумесяцем. Его центр составили 91 галера, 5 галиотов, за которыми следовал резерв (5 галер, 25 галиотов). Левый фланг (61 галера, 33 галиота) возглавлял алжирец Улудж-Али, правый (53 галеры, 3 галиота) — османский наместник в Александрии Мехмет-Сирок-бей (Сирокко). Из 25000 янычар только 2500 имели аркебузы, остальные были вооружены луками.

Дувший с утра свежий ветер к 11 часам стих. По сигналу дон Хуана (зеленый квадратный флаг на мачте) союзный флот начал строиться в боевой порядок. Главнокомандующий отказался от сбора совета, сказав: «Теперь время советов прошло, и надо сражаться». Были заряжены пушки, гребцы раскованы и получили вино. Сам дон Хуан с секретарем Жуаном Сото на самой быстроходной галере обошел боевой строй, воодушевляя команды. Он приказал поторопить медленное построение союзников. Тем временем турки быстро развернулись в порядке и наступали.

Сражение началось в полдень. Огонь с галеасов, сосредоточенный на галерах Али-паши и соседних, вызвал первоначально замешательство, но турецкий главнокомандующий личным примером восстановил порядок. Турецкие галеры прошли мимо галеасов, которые в бою более участия не принимали. Ядра турецких пушек давали все время перелеты, суда их пострадали от огня галеасов. Тем не менее турки вели бой решительно. Когда командовавший правым флангом союзников Дориа, опасаясь обхода, обрушился на самый левый фланг врага, за ним вправо подался и центр. Между центром и левым флангом образовался разрыв. Командовавший правым турецким флангом Сирокко ввел свои легкие суда в этот разрыв. Турки обошли левый фланг союзников и со стороны берега, окружив Барбарелло со всех сторон. На помощь пришла часть венецианской эскадры, которая решительным натиском отбросила правый фланг турок. Большая часть турецких судов выбросилась на берег, 30 галер было взято в плен.

Дориа, заметив намерение Улудж-Али обойти его, оторвался от центра и пошел к югу. Улудж-Али атаковал его галеры, но на помощь Дориа подошли галеры Санта-Круса, а затем и центра.

В центре два корабля дон Хуана сцепились с кораблями капудан-паши. Завязалась рукопашная схватка, длившаяся час. Турки не успели помочь своему флагману: Али-паша пал в бою от пули. Его корабль взял дон Хуан, поднял на нем свой флаг, а голову капудан-паши вздели на копье. Турецкие галеры гибли одна за другой.

Левый фланг долго сопротивлялся Андреа Дориа, но, зная о трудном положении центра, турки направились на помощь капудан-паше. Однако прибытие Андреа Дориа к месту боя стало решающим. Улудж-Али скрылся под покровом ночи. Турки потеряли 225 судов; из них 94 прибились к берегу и были сожжены, а остальные достались союзникам с 117 большими и 556 малыми пушками. Было пленено 3600 турок и освобождено 15 тысяч христиан. Потери членов лиги составили всего 15 галер и 8000 убитых. В значительной мере благодаря твердости и решительности дона Хуана была одержана решительная победа. Гегемония турецкого флота на Средиземном море пала.

Сражение при Лепанто стало последним крупным сражением гребных флотов на Средиземном море.

Осенью 1573 года дон Хуан Австрийский командовал экспедицией по отвоеванию Туниса у турок. Поход завершился занятием северной части страны. Полководец намеревался стать правителем отдельного королевства, однако этому воспротивился сводный брат — король Испании Филипп II. До 1576 года дон Хуан был генерал-викарием Милана, Неаполя, Сицилии.

В 1576 году дон Хуана назначили генерал-губернатором Нидерландов, открыто выступивших против испанского господства. Он сначала отказался от этого трудного поста. Потом принял его только на том условии, что ему позволят вторгнуться в Англию и жениться на Марии Стюарт, королеве Шотландии, тогда пленницы Англии. В Нидерландах он заключил «Бессрочный эдикт» с голландскими повстанцами (февраль 1577 г.), по которому в обмен за его признание как генерал-губернатора и реставратора католической религии испанские войска должны были быть выведены оттуда. Провинции Голландия и Зеландия не согласились на возврат католицизма и отказались признать власть Испании. Тогда дон Хуан ввел в действие войска и завершил войну взятием Намюра.

В Нидерландах дон Хуан проявил себя как незаурядный военачальник и дипломат. Но в последние месяцы его действия были стеснены недостатком средств из-за недоверия короля.

Умер флотоводец во время эпидемии чумы октября 1578 года в Бурже около Намюра. В историю он вошел как победитель при Лепанто, которая открыла эру побед христианских флотов над мусульманскими.